C'est le soir du 18 septembre que les Britanniques entrent dans Québec et hissent l'Union Jack sur les murs de la ville. Par la suite, on prend les dispositions nécessaires pour passer l'hiver. D'abord, Monckton retourne à New York alors que Townshend repart pour l'Angleterre. Le commandement échoue entre les mains du brigadier Murray. Les Grenadiers quittent pour retrouver leurs régiments d'origine tandis que le reste des troupes demeure à Québec. Quant à la marine, Saunders laisse quelques petits navires à Québec et en stationne d'autres plus importants à Halifax. Ces derniers reçoivent l'ordre de revenir dans le Saint-Laurent dès que les glaces fondront au printemps.
Le premier hiver passé à Québec par la garnison britannique s'avère difficile. La ville ayant été détruite par les bombardements, les habitations pour loger la garnison sont très modestes. Les vivres sont cependant en quantité raisonnable, mais le manque de fraîcheur des aliments, de même que le manque de vitamines, causent chez les soldats postés à Québec une épidémie de scorbut qui décime une partie de l'armée britannique. Les soldats se sentent abandonnés dans un environnement qui leur est hostile; il n'y a pas d'autres troupes britanniques dans un rayon de plusieurs centaines de kilomètres. C'est donc affaiblis et démoralisés que les soldats, qui survivent à ce difficile hiver, voient le printemps arriver et les combats reprendre134.
Cependant, malgré la rigueur de l'hiver, Murray ne perd pas de temps pour améliorer les fortifications de la ville de Québec. Il effectue des travaux temporaires sur le sommet des parapets et dispose sept blockhaus dans le but de contrôler la circulation sur tout le terrain au-devant du rempart. Également, il renforce le front de la porte Saint-Louis et construit des retranchements temporaires. L'hiver passé, il continue les travaux au printemps 1760. Il fait notamment ériger une série de petits postes défensifs à Cap-Rouge, à Lorette, à Sainte-Foy, à Sillery et à Pointe-Lévy. Il renforce également la redoute et l'église de Sainte-Foy135.